農(nóng)業(yè)環(huán)境類司法鑒定主要涉及三個層次：（1）現(xiàn)狀或程度鑒定，即對污染或者破壞現(xiàn)狀（包括范圍、程度、污染類別等）進行鑒定；（2）因果關系鑒定，即“就企業(yè)的排污行為與農(nóng)民種植（養(yǎng)殖）的農(nóng)作物（畜禽）或農(nóng)民承包的農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地、養(yǎng)殖水面等受損之間是否存在因果關系”進行鑒定；（3）損失評估鑒定，即在現(xiàn)狀鑒定和因果關系鑒定的基礎上，對破壞或者污染造成的損失（包括經(jīng)濟損失、生態(tài)損失）進行定量化評估。
農(nóng)業(yè)環(huán)境類司法鑒定的特點：
1 科學性和客觀性農(nóng)業(yè)環(huán)境類司法鑒定中的科學性和客觀性就是要求鑒定憑借其擁有的專業(yè)知識和技能，運用成熟的科學技術理論、方法、手段，采用公認的技術標準，使用適宜的儀器設備，嚴格按照規(guī)定的程序和操作規(guī)程，并將其貫徹于現(xiàn)場檢案、現(xiàn)場采樣、樣品檢測、樣品分析等鑒定過程，通過科學客觀的判斷形成鑒定證據(jù)；要求鑒定機構加強規(guī)范化建設和內(nèi)部管理，監(jiān)督和科學管理鑒定實施過程和各種規(guī)范、標準的操作過程?？茖W性和客觀性還要求鑒定機構和鑒定人在具體案件中注意技術判斷的整體性和鑒定請求的合法性之間的沖突，并恰當協(xié)調(diào)沖突，控制鑒定成本。
2 及時性及時性，是指對于委托人委托的鑒定事項，鑒定機構及鑒定人必須在法定時限內(nèi)及時審查、及時受理、及時采樣、及時分析、及時提交鑒定意見。
3回溯性在環(huán)境因果關系鑒定中，不少案件中的鑒定事項，尤其是重新鑒定事項和裁決性鑒定事項，委托到鑒定機構時，鑒定現(xiàn)場已經(jīng)滅失或者致害因子已經(jīng)消退，鑒定所依托的事實基礎已經(jīng)不復存在，鑒定中對事實的判斷難度明顯增大。對于此類鑒定，鑒定機構和鑒定人只能根據(jù)已有的材料和信息對事實的